Наступне десятиліття Булгаков веде боротьбу за право на творче існування. Створені ним у ці роки п’єси - “Адам і Єва” (1931), “Блаженство” (1934), “Іван Васильович” (1935), “Олександр Пушкін” (1936), “Батум” (1939) - так і не були поставлені. У 1936 році, після шестирічної боротьби автора за право на життя п’єси “Кабала святош” (“Мольєр”) її нарешті побачили глядачі. Однак відбулося тільки сім вистав цього спектаклю, бо і його зняли після появи редакційної статті в “Правде” “Зовнішній лиск і фальшивий зміст”. Сценічна доля “Кабали святош” стала причиною розриву Булгакова з театром, якому він віддав чимало творчих сил і впродовж десятиліть був пов’язаний творчими зв’язками з багатьма його представниками. Розрив із МХАТом став поштовхом до створення роману про театр, що був пізніше названий “Нотатки покійника” (“Театральний роман”). У цьому, багато в чому біографічному, романі відтворена ситуація, коли художник опиняється на межі творчої загибелі і вчиняє самогубство. Основними мотивами “Театральний роман” відгукується на відступництво мхатівців при постановці п’єси про Мольєра від правди творчості.

Остаточно розлучившись із Художнім театром, Булгаков на пропозицію диригента С. Самосуда влаштовується на роботу у Великий театр лібретистом-консультантом.

Останні роки життя письменника були віддані його роботі над романом “Майстер І Марґарита”, яку доводилося суміщати з нервовою і виснажливою діяльністю постановника оперних спектаклів. Здоров’я Булгакова постійно погіршувалося, і восени 1939 року О. С. Булгакова була змушена взяти офіційну довіреність на ведення чоловікових справ, бо він повністю втратив зір. Востаннє Булгаков диктував дружині поправки до тексту “Майстра і Марґарити” 13 лютого 1940 року. А 10 березня його не стало. Як свідчать щоденникові записи О. С. Булгакової, серед прощальних слів Михайла Опанасовича були такі: “Я хотів служити народові...”. Урна з прахом Булгакова похована на Новодівочому кладовищі в Москві.